sam fisher که بعد از اتفاقات Double Agent و کشته شدن دخترش، سارا فیشر به شدت افسرده شده است، بالاخره تصمیم خود را می گیرد و از Third Echelon جدا می شود. اکنون سم فیشر، مامور فوق ماهر TE، از خودش فرمان می گیرد. نتیجش این است که سم فیشر بیش از حد خشن خواهد شد و این یکی از تغییرات است. اما این تغییر به این معنا نیست که المان های Stealth از بازی حذف شده باشند!