بخش اوّل «جزیره ی غریب»:

شما Jason Brody هستید،به همراه برادر بزرگتر و کوچکترتان و 3 تن از دوستانتان به جزیره های استوایثی می روید،ولی از این بی خبرید که دزدان دریایی در آن منطقه فعالیّت می کنند،در طی یک حادثه،دزدان دریایی شما را می گیرند.در این هنگام با شخصیّت Vass آشنا می شوید.واس "Vass" رهبر دزدان دریایی است و شما را زندانی می کند،شما به همراه برادر بزرگترتان فرار می کنید،ولی برادر بزرگترتان می میرد.
سپس شما فرار می کنید و در آب می پرید،وقتی به هوش می آیید،خودتان را در اتاقی در کنار یک نفر می بینید،او یک نفر از جنگجویان Rakyat است و به شما در آشنا شدن با طبیعت کمک می کند.حال شما قصد دارید تا دوستانتان را نجات دهید و از آن جزایر بروید.بخش سوم «پایانی بر دزدان دریایی»:

حال یکی دیگر از دوستانتان را پیدا می کنید و به عمارت دکتر می روید،در آن جا غاری وجود دارد که دوستانتان در آن جا می مانند و در آن جا قایقی به گل نشسته،Liza یکی از دوستانتان شروع به تعمیر قایق می کند.
سپس به جنگ با دزدان دریایی می روید و زمین های کشت آن ها را نابود می کنید،حال یکی دیگر از دوستانتان را پیدا می کنید.
سپس با کمک جنگجویان Rakyat (افراد Citra) آماده می شوید تا محموله ی Vass را بدزدید،ولی او شما را پیدا می کند و می خواهد شما را بکشد،شما نجات پیدا می کنید.
سپس به معبد Citra می روید و بعد به جزیره ای که خانه ی Vass در آن جا قرار دارد می روید تا او را بکشید،شما او را می کشید و به دزدان دریایی پایان می دهید.

بخش چهارم «جنگجوی Rakyat»:

سپس متوجّه می شوید که شخص دیگری نیز در کار است،رئیس Vass،شما به پیش او می روید و اعتماد او را بدست می آورید و با Sam یکی از افراد مورد اعتماد او،نقشه می کشید که او را بکشید،شما می فهمید که برادر کوچکتان که فکر می کردید،مرده است،زنده است،به اقامتگاه رئیس Vass می روید،و مشغول بازی می شوید.وقتی Sam علامت می دهد،رئیس آن ها متوجّه و او Sam را می کشد و شما هم او را می کشید و فرار می کنید.
سپس به پیش برادرتان می روید و او را نجات می دهید و نزد دوستانتان در عمارت دکتر بر می گردید،ولی متوجّه می شوید که آن ها آن جا نیستند و دکتر به قتل رسیده،به معبد Citra می روید،و می فهمید که Citra آن ها را گرفته بوده.حال شما دو انتخاب دارید،یک این که به همراه Citra بمانید و یا دوستانتان را نجات دهید.
هنگامی که دوستانتان را نجات می دهید،Citra می میرد و دوستانتان از آن جا می روند و شما در جزیره می مانید.