این نسخه در ادامه نسخه ی قبل شروع می شود،کاپیتان پرایس و نیکلای،Soap را به محلّ امنی می برند که بسیار مجروح شده است.در همین حین،نیروهای روسیه به نیویورک حمله کرده و تیم Sandman باید ماهواره را از کار بیندازد،تیم ماهواره را از کار انداخته و سپس به زیردریایی دشمن می رود و از موشک های آن ها بر علیه آن ها استفاده می کنید و ناو های دشمن را نابود می سازید.
حال کاپیتان پرایس در عمارت،مورد حمله نیروهای ماکاروو قرار گرفته و به سختی از آن جا فرار می کنند،عضو جدید تیم Yuri است،که به کمک او،کاپیتان پرایس به همراه Soap و نیکلای فرار می کند.***** روسیه،توسط ماکاروو گروگان گرفته می شود تا رمز کدهای موشک های هسته ای را به ماکاروو بگوید،در همین حین،تیم کاپیتان پرایس که حالا سمتی ندارند و اخراج شده اند،(به دلیل کشتن ژنرال شپرد)،به دنبال ماکاروو می گردند تا او را بکشند و به این جنگ پایان دهند.
ماکاروو به دنبال دختر ***** روسیه می گردد و او را پیدا می کند و او را گروگان می گیرد،سپس پرایس به همراه Soap و یوری به شهری می روند که تحت فرمان نیروهای ماکاروو است و به کمک دوست قدیمی شان،کاماروو،نیروهای ماکاروو را می کشند و Soap و یوری به بالای برجی می روند و هدف آن ها کشتن ماکاروو است،کاپیتان پرایس هم می رود تا ماکاروو را بکشد.
پرایس وارد ساختمان می شود،ولی ماکاروو از او با خبر می شود و بمبی در ساختمان منفجر می شود،سپس در بالای برج،ماکاروو به یوری می گوید:دوست قدیمی و...
سپس بمبی در برج منفجر و یوری و Soap به پایین ساختمان پرت می شوند،Soap صدمه می بیند،پرایس و یوری او را از آن جا خارج می کنند،ولی موقع فرار Soap می میرد و در آخرین کلمات می گوید:ماکاروو....یوری را می شناسد.
سپس پرایس یوری را می گیرد و می خواهد او را بکشد،یوری به او توضیح می دهد که در کذشته به همراه ماکاروو بوده،ولی سپس از گروه او خارج شده است،سپس پرایس می گوید:یک فرصت دیگر داری.
سپس آن ها به دنبال ماکاروو می روند و ***** و دخترش را نجات می دهند،سپس پرایس و یوری برای کشتن ماکاروو می روند.
یوری کشته می شود و کاپیتان پرایس ماکاروو را می کشد و بازی به پایان می رسد.