بازی در ادامه ی نسخه ی قبل است،ماکاروو "Makarov" از نزدیکان زاکائف و تروریستی ماهر،دست به انجام عملیات های تروریستی زیادی می زند و در یک عملیات،جوزف آلن،یکی از جاسوسان آمریکایی،وارد نیروهای ماکاروو شده و جاسوسی می کند،در یک عملیات،هنگامی که ماکاروو در حال قتل عام مردم در یک فرودگاه است،آلن لو می رود و ماکاروو او را می کشد. کاپیتان جان مک تاویش "Soap" و گروهبان گری سندرسون "Roach" و به همراه تیم "Task Force 141" عملیات هایی جهت ردیابی ماکاروو انجام می دهند.