با استفاده از Animus 2.0 دسموند موفق به دست یافتن به خاطراتی از اتزیو میشود. خاطراتی که امیدوارند به یافتن سیب عدن کمک کند. او در این زمان وارد چندین خاطره مختلف از اتزیو میشود که در سالهای مختلف و مکانهای مختلف اتفاق می افتند.

او به خاطره صحبت به مینروا بازمیگردد. او بعد از خارج شدن از Vault میبیند که رودریگو آنجا نیست و آن مکان هم بسته شده است. بعد از مدتی ماریو او را از ورودی صدا میکند و اتزیو و او برای خروج از واتیکان مبارزه میکنند. اتزیو نمیتواند تصمیم بگیرد که سب را در رود تیبر مخفی کند یا به عمویش بدهد تا در جای امن نگهداری کند.این دو با اسب به مونتریگیونی برمیگردند.به هر حال اتزیو متوجه میشود که قدرت تمپلارها کمی کاهش یافته به خاطر محاصره مونتریگیونی توسط سزار بورگیا پسر رودریگو. سربازان ارتش سزار، با برجها و توپها با تمام قوا حمله میکنند و اکثر شهر و وبلا را از بین برده اند. حمله با ویران شدن شهر خاتمه میابد. اتزیو زخمی میشود و ماریو توسط خود سزار کشته میشود. او با اسب موفق به فرار به سمت رم میشود.

در این زمان دسموند از انیموس بلند میشود و میبند که داخل ون آساسینها قرار دارد. آنها به ویلای آدیتوره در مونتریگیونی حال حاظر میرسند، آخرین پناهگاه آنها در ایتالیا. لوسی توضیح میدهد که آنها باید سیب عدن اتزیو را بدست آوردنند. لوسی به این مشکوک است که مینروا در داخل Vault آن را عوض کرده است.

دسموند، لوسی، شاون و ربکا به سمت ویلا حرکت میکنند و جایی امن در زیرزمین پیدا میکنند. به هر حال درها بسته هست برای همین لوسی و دسموند سعی میکنند راه دیگری پیدا کنند. آنها راه خود را از راههای مخفی ادامه میدهند و راه را برای شاون و ربکا باز میکنند.

داخل کلیسا، دسموند اتزیوی میانسال را به خاطر bleeding effect میبیند و در میابد که او سالها پیش به ویلا برگشته است به خاطر دلایل نامعلوم. او همچنین نشانه ای را روی دیوار میبیند که توسط اتزیو کشیده است که حاوی شمارها هایی مخفی است. چهار نفره انیموس 2 را راه اندازی میکنند و دسموند به خاطرات اتزیو برمیگردد. لوسی معتقد است که کیفیت همگام سازی او با خاطرات اتزیو باعث میشود دسموند به خاطرات راجع به سیب و مکان آن دست پیدا کند.

اتزیو در یک خانه در رم به هوش می آید. زنی که آنجا هست به او توضیح میدهد که مردی او را به همراه لباس جدید و زره به آنجا آورده است. بعد از ترک منزل و رفتن نزد دکتر، اتزیو به ملاقات نیکولو ماکیاولی میرود. از طریق ماکیاولی، او درمیابد که رم رو به خرابی بود و ملت توسط بورگیا سرکوب میشدند.اتزیو وظیفه دارد شهر را از نفوذ سزار و ژنرالهای او پاک کند. برای اینکار اتزیو با اتحادیه آساسینها و همچنین دزدها و سربازان آزاد ارتباط برقرار میکند و آنها را متحد میکند.

او در این راه افراد عادی را که قصد نجات شهرشان را دارند با خود متحد میکند و با آنها عهد برادری میبندد. اتزیو موفق به کاهش نفوذ بورگیا در شهر میشود و تعدادی از ژنرالهای او را میکشد. او همچنین به انبار مهمات سزار هم حمله میکند و آنها را نابود میکند.

اتزیو از طریق یک بازیگر کلیدی را برای قلعه سانتانگلو بدست می آورد تا بتواندبا آن سزار و رودریگو را بکشد. اتزیو میشلتو کورلا، محافظ مخصوص سزار را تعقیب میکند. کسی که برای کشتن پیترو مامور شده بود. بعد از اینکارها اتزیو کلودیا خواهرش را به محل آساسینها منتقل میکند همچین خودش به عنوان مربی و استاد آساسینهای ایتالیا از سوی ماکیاولی انتخاب میشود.

بعد از مدت کوتاهی اتزیو وارد قلعه میشود جایی که متوجه کشته شدن رودریگو توسط پسرش سزار میشود. سزار مکان سیب عدن را از لوکرزیا پیدا میکند. اتزیو قبل از سزار به سیب میرسد و با استفاده از آن باقی ارتش سزار را از بین میبرد.

در جنگ آخری، اتزیو و آساسینهای تحت فرمان او با سزار و باقیمانده ها در دروازه های رم مبارزه میکنند. سزار توسط فابیو اورسینی با دستور پاپ جدید دستگیر میشود. بعد از مدتی اتزیو صحبتهای سزار را با لئوناردو در میان میگذارد. لئو به اون پیشنهاد میدهد که از سیب برای فهمیدن درستی صحبتهای او استفاده کند. اتزیو مردد بود ولی به گفته او گوش میکند و درمیابد که سزار خودش را از زندان آزاد کرده است. اتزیو آنجا را ترک میکند و وقتی میخواهد برود میگوید "من این برادری را در نهایت خواهم ساخت. چه باشم چه نباشم".

در سال 1507، اتزیو بلاخره سزار را در ویانای اسپانیا پیدا میکند. اتزیو با دشمنان میجنگد و موفق میشود سزار را در گوشه ای از قلعه گیر بیندازد. در آنجا و در یک مبارزه جذاب اتزیو زره سزار را از بین میبرد و بلاخره او را شکست میدهد. بعد از آن اتزیو سیب را از داخل یک Vault در زیر سانتا ماریا داخل معبد Juno پیدا میکند.

دسموند بعد از این خاطره به سرعت از انیموس خارج میشود و دوستانش را میبیند که در حال صحبت درباره نحوه ورود به Vault هستند. همینکه ربکا درمیابد که به یک پسورد شفاهی برای ورود به آن نیاز دارند، برقها میرود و نمیتوانند ادامه دهند. به هرحال دسموند میگوید که نشانه ای که در روی در Vault دید همانی است که در روی در ویلا بود. شاون در میابد که شمارها هایی که پست نشانه پنهان هستند درواقع اشاره به 72 نام خدا دارند و رمز 72 را فاش میکنند.

سپس آساسینها به کلوسئو در رم میروند و دسموند از دیگران برای یافتن راهی برای ورود به Vault جدا میشود. همینکه او از راه زیرزمینی میرود به کسی که قبلا آنجا بوده یعنی Juno برمیخورد. کسی که از سقوط بشریت حرف میزند.

با رسیدن به درون سانتا ماریا آراکوئلی، دسموند درب را برای ورد دوستانش باز میکند و کمی بعد خاطره ای از اتزیو نشان داده میشود که در حال فرار در کلیسا است. او آن را تعقیب میکند و سیستمی از میله ها و اهرم ها را پیدا میکند. در در آخر یک پدال برای مواقع ضروری در آنحا. دسموند آن را لمس میکند و کف اتاق تکان میخورد و هر چهار نفر آن به سوی در Vault میروند.

دسموند کلمه رمز را میگوید و در باز میشود و یک اتاق بزرگ خالی روبرویشان پدیدار میشود با یک تختگاه در وسط آن و سیب هم روی آن قرار دارد. دسموند پلکان به سوی آن را فعال میکند. صدای Juno شنیده میشود که در مورد تکه های عدن و حس ششم صحبت میکند. به هر حال، دسموند تنها کسی است که قادر به شنیدن آن صداست.

همینکه آساسینها وارد اتاق میشوند دسمون سیب را لمس میکند و یک سری نوشته ها و سمبل های هولوگرافی ظاهر میشوند. شاون درمیابد که دو قطعه ناهمگون، کلاه فریجیه و چشم ماسونی، فقط در یک مکان با همدیگر آورده شده اند. به هر حال وقتی دسموند سیب را برمیدارد، زمان ظاهرا متوقف میشود و خود را تحت کنترل Juno میابد. او سعی میکند مقاومت کند ولی Juno او را مجبور به درآوردن خنجر مخفی کرده و وادار به کشتن لوسی میکند. هر دوی آنها ناگهان زمین می افتند در حالی که لوسی غرق در خون است.

بعدها ویلیام مایلز و یک مرد دیگر صدایشان شنیده میشود که میگویند دسموند در یک شوک قرار گرفته است. ویلیام به دیگری دستور میدهد که دسموند را در انیموس قرار دهد و توضیح میدهد که انیموس چطور دسموند را تحت تاثیر قرار داده است. دسموند وارد کما شده است و ویلیام معتقد است او زنده خواهد ماند.