بازی از جایی شروع میشود که برادری تمام شد. قهرمان امروزی ما دسموند وارد کما شده است و برای نجات ذهن دسموند، آساسینها او را در یک مکان امن در انیموس قرار داده اند که به آن اتاق سیاه میگویند. بعد از بیدار شدن از دستگاه انیموس دسموند با ضمیر خودآگاه Subject 16 دیدار میکند کسی که قبل از او روی انیموس خوابدیه بود. 16 به او توضیح میدهد که ذهن او تکه تکه شده است و تنها راهی که برای او باقی مانده این است که به خاطره اجدادش برگردد و تا آخر آن را ببیند تا چیزی برای نمایش به او وجود نداشته باشد. وقتی اینطور شد انیموس سه خاطره را از هم جدا خواهد کرد.