داستان از  زمان حال آغاز میشود که دزموند و پدرش ویلیام و ربکا و شان در حال رفتن به غاری در تورین نیورک هستند که با استفاده از apple of eden وارد غار میشودند و تمام تجهیزات درون غار را فعال میکنند و وارد دستگاه Animus میشود  تا بتوانند  با استفاده از مدالی (که در خاطرات کارکتر ها وجود دارد) که باید پیدا کند دنیا را نجات دهند . وقتی آنها وارد غار میشوند دزموند بیهوش میشود و بازی شما را به قرن 18 میلادی میبرد جایی که هیثم ( پدر کانر ) در حال رفتن به  خانه ای سلطنتی در لندن میباشد هیثم در انجا فردی را میکشد  و مدالی از او میدزدد  و سپس برای رفتن به بوستون سوار کشتی ای میشود سفر وی حدود 40 هفته به  طول میکشد .به محض اینکه به بوستون میرسد به دنبال 5 نفر از یاران وفا دار خود به نام های  چارلز لی، ویلیام جانسون، توماس هیکی، بنیامین چرچ و جاناتان پیتکارین میگردد . 

 پس از پیدا کردن این نفرات وی یک تاجر برده به نام سیلاس تاچر را میکشد و بردگان زیادی از قبیله ای به نام Mohawk را آزاد میکند  یکی از این افراد دختری به نام Ziio است که به هیثم در کشن ژنرال ادوارد برادوک کمک میکند . همین کمک ها باعث ایجاد رابطه ی خواهر و برادری ( :دی) بین هیثم و زیو میشود که بعدا منجر به به دنیا آمدن فرزندی میشود که باعث نجات دنیا میشود (داستان اینجوریه)
باز هم بازی به زمان حال میرود . در زمان حال دزموند از این اتفاقات تعجب میکند و حتی از نیت خود صرف نظر میکند و پدر دزموند عصبی میشود و مشتی به صورت او میزند وقتی دعوا بالا میگرد شان با دزموند کمی حرف میزند و او را قانع میکند که درون دستگاه قرار گیرد.

سپس بازی به قبیله ی Mohawk  ها میرود که کانر در حالی که 9 سال دارد قصد بازی با بچه های همسن و سال خود را دارد  را دارد پس از کمی بازی نوبت به قایم شدن کانر میرسد در این ماجرا چارلز لی و یارانش به زور از او برای صحبت با بزرگتر های قبیله بازجویی میکنند . پس از این کانر به روستا ی خود باز میگردد در حالی که روستا آتش گرفته به دنبل مادر خود زیو میگردد که او را در آتش میابد اما نمیتواند او را نجات دهد و مادرش میمیرد .بازی به 9 سال بعد میرود که کانر 18 سال دارد و میخواهد که از چارلز لی انتقام  و بزرگ قبیله ی آنها به کانر میگوید که باید با جونو ارتباط برقرار کند . جونو به کانر میگوید اگر روستایش را رها کند احتمالا باعث نابودی روستا و تمام ساکنانش خواهد شد با این حال کانر به قدری کینه ی چارلز لی را به دل دارد که این ریسک را قبول میکند .جونو به کانر نماد هشاشین را نشان میدهد و به او میگوید که آشیلس داونپورت را پیدا کند ( آشیلس خود یه هشیاشین خبره ای بوده است )  و به او آموزش مبارزه دهد . در ابتدا آشیلس کانر را قبول نمیکند اما پس از پافشاری کانر او قبول میکند که به وی آموزش دهد و او را یک هشاشین بار بیاورد ( قبل از این ها  آشیلس یک بار جان کانر را نجات میدهد ) کانر به آشیلس میگوید که لوازم منزل وی خیلی کهنه هستند (پس از نشستن بر روی صندلی و شکستن آن ) و به همین دلیل تصمیم میگیرند که به بوستون بروند و خرید کنند که در یک اتفاق کانر پدر خود را از پشت بام میبیند (اما همدیگر را نمیشناسند ) و هیثم دستور میدهد که به وی شلیک کنند اما کانر زنده میماند . ولی او همچنان تحت تعقیب است .پس از این ماجرا ها ما کانر را در حالی میبینم که او 25 سال سن دارد و بسیار عضلانی شده است و آشیلس به خوبی به او آموزش داده است . او حالا باید تمام آن 5 نفر اعم از چارلز لی را بکشد. ویلیام جانسون اولین هدف اوست . کانر او را میکشد و حالا هدف بعدی خود جاناتان پیتکارین  است که رهبری نیروهای بریتانیایی را بر عهده دارد (کانر او را در جریان جنگ آمریکا و بریتانیا از بین میبرد ).هدف بعدی کانر ،  توماس هیکی است( که میخواهد جورج واشنگتن را ترور کند) شما در کشتن وی ناموفق میشوید و بعد از دستگیری هر دوی آنها را به زندان میندازند اما به دلیل نفوذ هیثم هیکی از زندان آزاد میشود ولی کانر به دلیل طرح ریزی ترور جورج واشنگتن به  اعدام محکوم میشود (نقشه کشیدن براش :دی). در صحنه ی بعدی کانر را میبینیم که در حال رفتن پای چوبه دار است ولی به دلیل فداکاری های آشیلس و همکارانش کانر برای بار دوم توسط آشیلس نجات میابد بعد از آن هیکی که در صحنه حضور داشت اقدام به کشتن جورج واشنگتن میکند که شما بعد از تعقیب وی او را قبل از کشتن واشنگتن میکشید . بعد از این ماجرا کانر نزد واشنگتن بسیار محبوب میشود به همین دلیل واشنگتن به او دستور میدهد تا بنیامین چرچ را نیز از بین ببرد در این ماجرا او پدر خود هیثم را پیدا میکند و پس از کمی جدل همدیگر را میشناسند و هیثم میگوید که چرچ به تمپلار ها خیانت کرده و پدر و پسر اختلافات را کنار میگذارند و هر دو برای پیدا کردن چرچ راهی دریای کارائیب میشوند.

قبل از این سفر هیثم با صحبت هایی که با پسر خود دارد از او حال مادرش را میپرسد که کانر در جواب او کلمه ی "مرگ" را پاسخ میدهد و هیثم ناراحت میشود .

به هر حال با سفر به دریای کارائیب و جنگ بین چند کشتی بالاخره کانر و هیثم چرچ را پیدا میکنند و او را میکشند .

پس از آن هردو پیش واشنگتن بر میگردند و هیثم نامه ای میابد که در مورد حمله ی نیرو های نظامی به روستای خود است پس از آن کانر در پی ممانعت از انجام این کار با بهترین دوست دوران کودکی خود درگیر میشود و در این درگیری بهترین دوست خود را میکشد .

سپس کانر برای پیدا کردن چارلز لی به طرف قلعه ی جورج فورت میرود که پدرش به او میگوید لی یکبار دیگر با مدال فرار کرده که این دو درگیر میشوند و کانر مجبور میشود پدر خود را نیز بکشد.پس از این ماجرا ها بازی به زمان حال میرود که دزموند متوجه شده است پدرش توسط دکتر ویدیچ گروگان گرفته شده است او در ازای دریافت پدرش باید apple of eden را به دکتر بدهد . اما او زرنگی کرده (:دی) و هم پدرش را آزاد میکند و هم apple of eden را به دکتر نمیدهد  و هم سنگ سوم را از دنیل کراس میگیرد.

پس از به دست آوردن سنگ سوم دزموند هنوز مدال را کم داشت که باید با استفاده از خاطرات کانر آن را نیز به دست آورد به همین خاطر وارد دستگاه میشود

سپس بازی شما را به گذشته میبرد که کانر یکبار دیگر لی را پیدا کرده است اما لی تا متوجه حضور کانر میشود پا به فرار میگذارد و در این تعقیب و گریز هر دو به یک کشتی سوزان میرسند و لی از دست کانر فرار میکند .

اما پس از یک سری کارهای دیگر کانر لی را دیک قهوه خانه پیدا میکند و این دفعه چاقویش را در سینه لی فرو میبرد .

کانر مدال را از گردن لی در میآورد و هنگامی که به طرف خانه ی آشیل میرود و مدال را در داخل قبر پسر آشیلس که در جریان جنگ هند و فرانسه کشته شده بود پنهان میکند . وقتی دزموند این صحنه را میبیند از دستگاه بیرون آمده و به دنبال همان مکان میگردد و مدال را به دست میآورد .

با استفاده از سنگ ها راهی برای رسیدن به ماشینی قدیمی  (که با لمس آن دنیا نجات خواهد یافت ) پیدا میکند و مدال را در یک در بسیار عظیم فرو میبرد و در باز میشود .

در حالی که میخواهد آن ماشین را لمس کند و جهان را از شعله های خورشیدی حفظ کند ، مینروا خواهر جونو ظهور میکند و به او هشدار میدهد که اگر از آن ماشین اسفاده کند خودش هم قربانی میشود و برای دزموند توضیح میدهد که جونو در جریان دوره ی اول جنگ تمدن اول با بشریت او از دستگاه سو استفاده کرده است (متن کامل گفته هایشان این گونه بود )

-          جونو:آره... بیا اینجا ... در گذشته .. تو داستان مارو در گذشته میدونی .. میدونی که ما در گذشته چه قدر تلاش کردیم ... چه طور شکست خوردیم ... چه طور باورهایمان خاموش شد .... دنیا را نجات بده .... دستگاه را لمس کن .... جرقه ای برای نجات دنیا

-          مینروا:صبر کن ... لمس نکن

-          دزموند: مینروا ؟

-          جونو:تو ؟! اما چه طور؟... تو رفتی ...

-          مینروا : تو فکر میکنی همون بود ؟!

-          ویلیام : چه اتفاقی داره اینجا میفته ؟

-          مینروا : تو نباید جونو رو آزاد کنی !!!

-          دزموند : آزادش کنم ؟

-          مینروا: جونو داخل این محبوس بود .... و منتظر آزاد شدن است !! برات توضیح میدم ... وقتی ما داشتیم دنیا را نجات میدادیم او داشت اینو به دست می آورد ... او میخواست با استفاده از ماشین به اهداف خودش برسه ... او با استفاده از اعداد پیشگویی میکرد ... اون نقشه ای داشت برای به تسخیر در آوردن مردم برای خودش ... من سعی کردم کمک کنم ...

اما اون اینو به سمت اهداف خود تغییر داد ... وقتی خیانت او را دیدیم میخواستیم متوقفش کنیم و سپس ترکش کردیم ... فک میکردیم با استفاده از تو میتوانیم آن امنیت از دست رفته را باز گردانیم ... اما فریب خوریم ... اون زنده مونده بود .. او دوبار تلاش کرد ...من و تینا قرن هایی روی دنیا بودیم و میخواستیم  دوباره انسانیت را نجات دهیم ... ما به بهترین نحو تمام داشته هایمان را به آنها یاد دادیم ... ما تنها نبودیم اما بسیاری از قدرت هایی که ساخته بودیم  ، مرگ هنوز میتوانست مارا بکشد 

-          دزموند : پس چطور هنوز اینجایی ؟

-          مینروا: من باور داشتم که تو میتونی اینجا رو پیدا کنی و کار ما رو تموم کنی ... اما خیلی دیر شده ... تو و تمپلار ها بر سر ممانعت ما خیلی جنگ کردید.... پس بنابر این تو شانستو از دست میدی ... تو الان دیگه نمیتونی از پایان دنیا جلوگیری کنی ... تو فقط میتونی باعث زنده موندن دنیا شی ...

-          جونو : اون داره دروغ میگه  ... فقط اینو لمس کن و دنیارو نجات بده ... دنیایی بهتر متولد خواهد شد

-          مینروا: سپس جونو خیلی زود اونو نابود خواهد کرد

-          جونو : که اینطور ؟ پس نشونش بده که چه اتفاقی خواهد افتاد

-          مینروا:اما اون توانایی درک اینو نداره ...

-          دزموند  نشونم بده ...

-          مینروا: اگه به حرف های مینروا توجه کنی خورشید طلوع خواهد کرد ... و زمین تکه تکه خواهد شد و گدازه های آتش بر آسمان فرو خواهند ریخت ... کل دنیا در آتش خواهد سوخت ... اما این پایان دنیا نیست ... تنها نوید ورود تاریکی هست ... پس از اون تو پیدا خواهی شد (فقط چند نفر زنده خواهند ماند ) .... و تو ( دزموند ) یک سمبل برای آنهایی خواهی شد که میخواهند زنده بمانند ... باور کن عزم داشته باش ... تو به آنها الهام خواهی کد که چگونه باید موفق شد چگونه باید دوباره ساخت ... و دنیا دو باره جان خواهد گرفت ... برای بقای بشریت ... اما شما (بشریت ) انسانید و نازک و فانی هستید ... شما به دنیا خوهید آمد و خواهید مرد فقط به عنوان یک میراث ... شما اول او ( دزموند ) را یک قهرمان فرض میکنید سپس به عنوان یک افسانه و سپس به عنوان یک خدا ... این ظالمانه ترین سرنوشت است که به قلم ها نوشته شده است... و حالا تو اینرا میدانی که چه چیزی باید اتفاق بیفتد ... حالا بهم بگو کدام بهتراست ؟

-          جونو : مینروا میخواد تورو قربانی کنه ... اون میخواد  دنیا رو قربانی کنه 

-          مینروا : دزموند ، اونا تو رو به بردگی خواهند گرفت ... این چیزی نیست که تو براش جنیگیدی .. این چیزی نیست که چرا اینجا اومدی ...آیا این آینده ی نژاده توئه؟... اما آیا این آزادیه ؟

-          جونو:چه آینده ای ؟ چه آزادیی؟ بیلیون ها نفر خواهند مرد... چرخه از نو شروع خواهدشد ... این دنیا به پوچی شناخته شده اما پس از اینکه دنیا رو ترک کردیم دنیا پر شد از اندو و ترس

-          مینروا : هدیه ی ما به بشریت ..

-          دزموند : کافیه !!!

-          مینروا: تو نباید این کارو بکنی

-          دزموند: به هرحال نقشه ی جونو (با اینکه وحشتناکه ولی به نظر جوای میده ) ما یه راهی برای متوفق کردنش پیدا میکنیم ... اما چاره اینه ... شما چی میخواید ... دیگه امیدی نیست ..

-          مینروا: اگه جونو رو آزاد کنی ... دنیا رو نابود خواهی کرد ..

-          جونو  زود انجامش بده هیچ زحمتی ناره

-          مینروا:نباید این کارو کنی

-          دزموند : تموم شد مینروا ... تصمیممو گرفتم

-          مینروا : اما نتیجه ی این اشباه مرگ تو خواهد بود

-          دزموند (خطاب به پدرش و دوستاش ):شما باید برید .. همتون ...حالا ... هرچه قدر که میتونید از این جا دور شید .

-          ویلیام : با ما بیا ... ما راهی پیدا خواهیم کرد

-          دزموند : پدر ما وقتی نداریم

-          ویلیام: پسرم ...

-          دزموند :میدونی که دارم راه درستو انتخاب میکنم ... باید اینارو بکنم .. پس برید

دزموند پس از لمس دستگاه میمره

-          اخبار: برخی کارها در سطح کره باعث شده چیزی ببینید که هیچ وقت قبلا ندیدید ... شاهدان عینی واقع در ماجرا میگویند که طوفان های الکتریکی و آب و هوای نامعلوم دنیا را در بر گرفته است... از ساکنان خواسته شده که از خانه هایشان خارج نشوند و تا بررسی های کامل جغرافایی صبر کنند ... دانشمندان در حال گزارش فعالیت های لرزه ای در سراسر زمین هستند ... گفته میشود در شمال شرقی کانادا بیشترین مقدار ثبت شده است ... ماهواره ها در اثر شدت آتش ذوب شده اند ... گزارشات در سراسر جهان حاکی از خاموشی است  وبه نظر میرسد باقی این فعالیت ها در حال ضبط است .. اما هیچ چیز در مورد آینده قطعی و بدیهی نیست به همین جهت کارشناسان قادر به ازیابی تلفات مربوط به اتفاقات امروز نیستند .. اما به نظر میرسد بدترین اتفاقات برایمان افتاده است ... ما حوادث تازه ای از این اتفاقا برایتان گزارش خواهیم کرد ...

-          جونو ( در خطاب به جسد دزموند ) : تموم شد ... دنیا نجات داده شد ... تو نقشتو به خوبی بازی کردی ... اما حالا ... حالا وقتشه که من نقشمو بازی کنم