شما در تاریخ سپتامبر 2012 نقش Desmond Miles یک متصدی بار را بر عهده دارید که گفته میشود آخرین نسل از خط فامیلی آدمکشان است و خود او بیخبر از این موضوع میباشد. Desmond توسط افراد ناشناسی ربوده و به آزمایشگاه تشکیلات Abstergo برده میشود, جایی که محققان بر روی پروژه Animus کار میکنند و قصد دارند از او بر روی دستگاه Animus استفاده کنند. این دستگاه خاطرات جد Desmond در دوره جنگ های صلیبی سوم - میان نیروهای Richard the Lionheart (ریچارد شیردل) و نیروهای Saladin (صلاح الدین ایوبی) در سال 1191 میلادی - که در DNA او وجود دارد را استخراج کرده و به نمایش میگذارد. در این خاطرات شما نقش Altaïr ibn La-Ahad (به عربی الطائر ابن لا أحد و به فارسی پرنده پسر هیچکس) عضو حشاشین (انجمن آدمکشان) را بر عهده دارید.خاطرات Altaïr که Desmond ("فرد هفدهم" نامیده میشود) آن را تجربه میکند بدین ترتیب شروع میشود: Altaïr به همراه دو آدمکش دیگر به نام Malik و برادر او (که نامش گفته نمیشود) وظیفه دارند که گنجینه اسرارامیزی را که از آن به سومین تکه بهشتی یاد میشود از خرابه های معبد سلیمان واقع در اورشلیم به دست بیاورند. آنها در معبد سلیمان به رئیس بزرگ اعضای Templar (عضو فرقه‌ای از صلیبیون‌ نظامی‌ قرون‌ وسطی) یعنی Robert de Sablé برخورد میکنند. Altaïr از روی خودخواهی و بدون احتیاط برای کشتن Robert حمله میبرد. اما موفق نمیشود و به طور تصادفی از همراهانش جدا میشود و Robert و افرادش را با Malik و برادرش ترک میکند. به محض اینکه او به مصیاف میرسد و خود را به پایگاه میرساند, Malik هم زخمی به آنجا میرسد در حالی که برادرش را از دست داده و توانسته گنجینه را بدست بیاورد... بعد از آن Altaïr گناهکار شناخته شده و به درجه مبتدی نزول پیدا میکند (پایین ترین درجه در دسته آدمکشان). اما Al Mualim (المعلم) رهبر آدمکشان پیشنهادی بابت پس گرفتن درجه به او میکند. Altaïr بایستی در سرزمین مقدس نه شخصیت مهم را که تشدید کننده جنگ های صلیبی سوم میباشند را به قتل برساند تا صلح و دوستی برپا شود.

گیم پلی: برای رسیدن به هدف, بازیکن باید با استفاده از مخفی کاری و تاکتیک های جاسوسی, اطلاعات اهداف (9 شخصیت مهم) را جمع آوری کند. این تاکتیکها شامل استراق‌ سمع‌ کردن, بازجویی, جیب بری و انجام دادن وظایف برای خبرچین ها (جاسوس) است. بازیکن در کنار این وظایف, وظایف فرعی دیگری هم دارد, شامل بالا رفتن از برجها برای مشاهده نقشه شهر و نجات دادن مردمی که توسط نگهبانان و سربازان مورد آزار و اذیت واقع میشوند. همچنین جمع آوری پرچمها و به قتل رساندن اعضایTemplar جز وظایف فرعی حساب میشود. بازی در سرزمین مقدس یعنی چهار شهر مصیاف, دمشق, عکا و اورشلیم و محدوده های خارج این شهر ها (قلمرو پادشاهی) اتفاق می افتد. به غیر از شهر مصیاف, بقیه شهر ها دارای سه بخش هستند که هر کدام به مرور زمان باز میشوند.

ادامه داستان: Templar در حین بازی Altaïr متوجه میشود با آنکه که اهداف به طور محرمانه از اعضای Templar هستند ولی قتل اهداف تعیین شده چیزی فراتر از به قتل رساندن تشدید کنندگان جنگ صلیبی سوم میباشد و موضوع دیگری باید در میان باشد. همچنین Desmond وقتی که پرسنل, آزمایشگاه را ترک میکنند به طور مخفیانه سر کامپیوترهای آنها رفته و ایمیل های پرسنل آزمایشگاه را میخواند و میفهمد تشکیلاتی که او را دزدیده از اعضای باقیمانده Templar هستند. او متوجه میشود به این دلیل ربوده شده تا تشکیلات با مرور خاطرات Altaïr بتواند مکان گنجینه های قدیمی را که در دنیا مخفی شده, بیابد همانطور که اعضای پیشین در زمان جنگ هی صلیبی به دنبال آنها بوده اند. او میفهمد که اعضای باقیمانده انجمن آدمکشان هم در دنیای مدرن وجود دارند و سعی دارند جلوی نقشه های تشکیلات را گرفته و نگذارند تا تشکیلات با مرور خاطرات بتواند مکان گنجینه ها را بیابد. در خاطرات Altaïr سرانجام آشکار میشود که اعضای Templar قصد داشته اند که اختلاف میان آدمکشان با صلیبیون و مسلمانان به راه بیندازند. برای رسیدن به این هدف بین ریچارد شیردل و صلاح الدین ایوبی طرح اتحاد ریخته میشود تا با همکاری یکدیگر به جنگ با آدمکشان بپردازند و اعضای Templar در آرامش باشند.
توضیح در مورد هدف تشکیلات Abstergo اینست که هدف این تشکیلات برقرار کردن صلح جهانی بین همه ملت ها از طریق تسلط مطلق بر جامعه بشری به واسطه یافتن و استفاده از گنجینه های قدیمی گمشده که دارای قدرتهای فرا بشری هستند میباشد. واژه Abstergo که از Absterge گرفته شده به معنی تمیز کردن و شستشو دادن است.

پایان داستان: سرانجام Altaïr با هدف نهم یعنی Robert de Sablé رو به رو میشود و او را شکست میدهد. Robert de Sablé بعد از مغلوب شدن آشکار میکند که استاد Altaïr یعنی Al Mualim هم یکی از اعضای Templar میباشد. او به واسطه گنجینه سومین تکه بهشتی دارای قدرتی است که میتواند وهم و خیال ایجاد کند. Altaïr به سوی مکان Al Mualim راهی میشود و پس از نبردی سخت توانست استاد خود را شکست دهد و به سومین تکه بهشتی دست پیدا کند.

وقتی که خاطرات Altaïr به پایان میرسد, Desmond بلند شده و از Animus خارج میشود. او میفهمد که تشکیلات تیمهای جستجو را به سوی محلهایی که توسط Piece of Eden (تکه بهشتی) در خاطرات نمایان شده, فرستاده است و امید دارد که گنجینه های دیگری را هم پیدا کند. Desmond لازم نشد که توسط تشکیلات ساکت شود چون توسط پژوهشگری به نام Lucy Stillman - که با نشان دست خود آشکار کرد که خود از اعضای انجمن آدمکشان میباشد - نجات پیدا کرد. Desmond در پایان بازی به قدرت جد خود یعنی Eagle Vision (دید عقاب) دست پیدا میکند. با نگاه کردن به Lucy متوجه میشود که او یک متحد است (به رنگ آبی دیده میشود) و دلیل دیگری است که او در حقیقت یک مامور مخفی از اعضای انجمن آدمکشان و هدف از فرستادن Lucy به تشکیلات Abstergo, به دست اوردن اطلاعات پروژه ها و برنامه های اخیر و به تعویق انداختن پروژه ها و برنامه های آینده تشکیلات بوده است. Desmond همچنین پیغام هایی را در کف و دیوار آزمایشگاه می بیند که فقط خود او میتواند آنها را ببیند. (این نوشته ها توسط نفر شماره شانزدهم نوشته شده بود ولی بعد توسط تشکیلات پاک میشود)

 در یکی از ایمیلهای کامپیوتر Warren Vidic عنوان می شود افراد قبلی که از Animus به مدت طولانی استفاده کرده بودند بعد از مدتی قادر نبوده اند که وقایع گذشته و حال را از هم تشخیص بدهند و توانایی های اجدادشان به گونه خاصی با توانایی های خود آنها ترکیب میشد. این عارضه که آن را "The Bleeding Effect" میگویند دلیلی است که Desmond در پایان بازی قادر به استفاده از قابلیت Eagle Vision میشود.