آغاز رخدادهای این بازی، یک روز پیش از رخدادهای بازی رزیدنت ایول ۲ و پایان داستان آن، دو روز پس از رویدادهای بازی رزیدنت ایول ۲ است.  شهر راکون در طغیان ویروس تی است و جیل که از افسران پیشین گروه استارز بود؛ در تلاش است تا از شهر فرار کند. در جریان این تلاش، او با کارلوس اولیویرا که یکی از اعضای تیم U.B.C.S است ملاقات می‌کند. آمبرلا، برای مهار طغیان و نجات بازماندگان و پژوهشگران خود در شهر راکون، تیمی از U.B.C.S را در این شهر مستقر نمود. این تیم در رسیدن به هدف‌های خود ناکام ماند و بیشتر اعضای آن (۱۵۰ تا ۲۰۰ نفر)، به نوعی نابود شدند.  کارلوس به همراه چند هم‌رستهٔ دیگر خود، همچون نیکولای گینوائیف و میخائیل ویکتور به پیشبرد ماموریت خود در شهر می‌پرداخت که در میان آن‌ها، نیکولای به عنوان سردستهٔ تیم، اهداف خودخواهانه‌ای در سر می‌پروراند.در این‌میان، شرکت آمبرلا با فرستادن نمسیس تصمیم داشت تا تمامی افسران گروه استارز را نابود کند. از دیدگاه آمبرلا، استارز بانی اصلی رسوایی شرکت آمبرلا بود. نمسیس در اداره پلیس شهر راکون با جیل روبه‌رو شد. نمسیس، نخست به سوی براد ویکرز  حمله کرد و او را به راحتی از پای درآورد و سپس به جیل حمله نمود. این آغاز یک تعقیب و گریز طولانی مدت بود. جیل در چند قسمت از بازی مجبور بود تا از فرار دست کشیده و با نمسیس مبارزه کند، اما نمسیس با هر شکست نیز برمی‌خواست و به جیل حمله می‌کرد. در ادامه جیل متوجه می‌شود که می‌تواند با خبر کردن هلیکوپتر از طریق برج ساعت کلیسا، از شهر فرار کند و به کمک نیکولای فهمید که قطاری وجود دارد و می‌تواند آنها را به این ناحیه برساند. اما نیکولای قطار را دست‌کاری کرده‌بود (بسته به واکنش‌های متفاوت بازی‌باز، نیکولای ممکن است زنده مانده و یا کشته شود.) به همین دلیل به جای برج ساعت در جایی نزدیک آن، به دیوار برخورد می‌کند جیل با تلاش‌های فراوان به برج ساعت می‌رسد و هلیکوپتر را خبر می‌کند، اما با شلیک موشکی توسط نمسیس، هلیکوپتر از بین رفته و جیل دچار ویروس می‌شود. دراین میان کارلوس، پادزهر را یافته و جیل را نجات می‌دهد.  در ادامه کارلوس متوجه شد که از جانب دولت آمریکا، برای پاک‌سازی شهر راکون، یک فروند بمب هسته‌ای به سمت شهر فرستاده شده‌است. کارلوس این موضوع را به اطلاع جیل رساند. با شنیدن این خبر، جیل به تکاپوی بیشتری برای خروج از شهر افتاد، اماهمچنان نمسیس در تعقیب او بود. کارلوس توانست تا یک دستگاه بالگرد را برای گریز از شهر فراهم کند. جیل نیز سرانجام و پیش از وارد شدن به بالگرد، آخرین مبارزهٔ خود را با نمسیس انجام داد و او را با کمک اسلحه لیزری نابود کرد. درپایان، جیل و کارلوس موفق شدند، تا به همراه بری بارتون و با کمک بالگرد از شهر بگریزند. پس از فرار این سه نفر، شهر راکون، توسط بمب هسته‌ای از نقشهٔ جغرافیایی ایالات متحده پاک شد.