درباره داستان این بازی نظرات مختلفی وجود دارد. عده ای معتقدند که Dying Light قصه ای تکراری و کلیشه ای دارد و برخی می گویند که جذابیت داستان برای یک عنوان ترس و بقا که هدفی جز ترساندن مخاطب ندارد، کافی است . در شهری به نام «هارن» یک ویروس خطرناک شیوع پیدا می کند و باعث می شود که بیشتر مردم شهر به موجودات وحشی شبیه زامبی ها تبدیل شوند. در پی این اتفاق نیروهای دولتی، شهر را قرنطینه می کنند. یک سازمان امدادرسان جهانی به نام «GRE» به بازماندگانی که در هارن گرفتار شده اند، بسته های غذا و دارو را از طریق هوا می فرستد. GRE فردی به نام «کایل کرین» را استخدام می کند تا با نفوذ به هارن، یک فایل دزدیده شده را به این سازمان بازگرداند. این فایل توسط «کدیر سلیمان» دزدیده شده و او تهدید کرده که اگر اتفاقی برایش بیفتد، فایل را به طور عمومی منتشر می کند.کرین وارد هارن می شود اما در همان ابتدا با هجوم زامبی ها مواجه می گردد. فردی به نام «جید آلدیمایر» به کرین کمک می کند تا از شر زامبی ها خلاص شود و سپس او را با خود به پناهگاهی موسوم به «برج» می برد. برج مکانی است که بازماندگان هارن در آنجا جمع شده اند و از آنها در برابر حمله زامبی ها و سایر خطرات محافظت می شود. کرین سپس با «رحیم آلدیمایر»، برادر جید آشنا می شود. رحیم به کرین حرکات پارکور را آموزش می دهد و او را به نزد «اسپایک» می فرستد تا اولین ماموریتش را به عنوان یکی از ساکنین برج به انجام برساند . کرین در ادامه متوجه می شود که ساکنین برج توسط گروهی به نام «راهزنان» مورد آزار قرار می گیرند. این گروه که توسط «ریس» رهبری می شود، بسته های امدادی که توسط سازمان GRE به هارن فرستاده می شوند را می دزدد. کرین به دستور GRE و بر خلاف میلش ماموریت های مختلفی را برای ریس انجام می دهد. کرین متوجه می شود که ریس همان سلیمان است، اما نمی تواند به فایل دسترسی پیدا کند. او همچنین وقتی متوجه می شود که GRE کمک هایش به بازماندگان را قطع کرده و دیگر برای آنها غذا و دارو نمی فرستد، ارتباطش را با این سازمان قطع می کند .

در حین انجام یک ماموریت، رحیم به کرین می گوید که او و «عمر» می خواهند در یک منطقه آلوده شده بمب گذاری کنند. کرین با این موضوع مخالفت می کند و این مسئله باعث درگیری میان آنها می شود. پس از دست به یقه شدن، رحیم فرار می کند و کرین او را تعقیب می نماید. پس از اینکه کرین به رحیم می رسد متوجه می شود که عمر مرده و رحیم نیز زخمی شده است. او سپس تصمیم می گیرد که نقشه رحیم را عملی کند و منطقه را از وجود آلوده شده ها پاکسازی نماید. وقتی کرین برمی گردد مشاهده می کند که رحیم نیز آلوده شده و در حال تبدیل شدن به زامبی است؛ در نتیجه چاره ای جز کشتن او نمی بیند. در همین حال یک دانشمند به نام «دکتر عمران زِرِ» که برای ساخت یک دارو به منظور مقابله با ویروس تلاش می کند، توسط ریس دزدیده می شود. کرین نیز که برای نجات دکتر زر اقدام می کند توسط ریس دستگیر می شود. ریس افشا می کند فایلی که دزدیده است حاوی اطلاعاتی است که ثابت می کند GRE به دنبال استفاده از ویروس برای ساخت سلاح است.

کرین طی یک درگیری که منجر به قطع شدن دست راست ریس می شود، فرار می کند، اما دکتر زر کشته می شود. دکتر زر قبل از مرگش به کرین می گوید که نتیجه تحقیقاتش را به جید سپرده است تا او آنها را به دست دانشمندی دیگر به اسم «دکتر آلن کمدن» برساند. در حالی که کرین برای پیدا کردن جید تلاش می کند، متوجه می شود که دولت قصد دارد تا هارن را بمباران کند و از این طریق ویروس را ریشه کن نماید. مقامات دولتی گمان می کنند که هیچ بازمانده ای در هارن زندگی نمی کند، به همین دلیل کرین تلاش می کند تا با راه اندازی مجدد یک برج رادیویی، با دنیای بیرون شهر ارتباط برقرار کند و دولت را از این اقدامش منصرف نماید . در نهایت بدشانسی، جید توسط ریس دستگیر می شود و نتیجه تحقیقات نیز به دست ریس می افتد. کرین موفق می شود جید و بخشی از تحقیقات دکتر زر را نجات دهد، اما جید اعتراف می کند که آلوده شده است و از کرین می خواهد که به فکر متوقف کردن ریس باشد. در ادامه جید به زامبی تبدیل می شود و کرین چاره ای جز کشتن او ندارد .

کرین سپس نمونه تحقیقات را به دکتر کمدن می رساند، اما او که به پیدا کردن راه درمان بسیار نزدیک شده است، برای تکمیل این امر به کل تحقیقات دکتر رز نیاز دارد. او همچنین به کرین می گوید که به GRE اعتماد نکند، چرا که آنها یک سازمان فاسد و جنایتکار هستند. کرین بعدا متوجه می شود که ریس با GRE وارد معامله شده است تا در قبال تحویل نتیجه تحقیقات دکتر رز به آنها، اجازه خروج از هارن را پیدا کند. کرین با فهمیدن این موضوع به پایگاه ریس حمله می کند و در بالای یک آسمان*خراش با او درگیر می شود. او نهایتا با فرو کردن چاقو در گردن ریس، او را می کشد و از بالای آسمان*خراش به پایین پرت می کند. در پایان کرین تصمیم می گیرد که نتیجه تحقیقات را به جای GRE به دکتر کمدن بدهد؛ و این یعنی ماندن در هارن و کمک به بازمانده های دیگر، به امید نجات و ادامه زندگی.